Tijdens de Romeinse periode in 200 n. Chr. werd de ingang van het Hiëron gewijzigd om offerdieren te kunnen doorlaten. Binnenin werd een ballustrade gebouwd om de toeschouwers te beschermen en in de apsis werd een crypte aangelegd. Deze wijzigingen maakten de viering van de Kriobolia en de Taurobolia van de Anatolische Magna Mater mogelijk, die nu aan de epopteia werden toegevoegd. De nieuwe riten zagen de geïnitieerde, of misschien enkel de priester in diens naam, afdalen in een bothros ("kuil") in de apsis. Het bloed van de offerdieren vloeide dan over hem of haar zoals bij een doop.

De site van Samothrake kan op het eerste gezicht verwarrend lijken. Dit komt door een combinatie van de ongewone topografie en het feit dat het heiligdom zich over twee eeuwen heeft ontwikkeld. Het heiligdom strekt zich uit over drie smalle terrassen op de westelijke helling van de berg Hagios Georgios, die door twee steil lopende beken worden afgescheiden. De ingang is in het oosten door het propylon van Ptolemaeus II, ook bekend als het Ptolémaion[9] (plattegrond, nr. 20), dat de oostelijke beek overspant en fungeert als een brug. Onmiddellijk ten westen daarvan, op het eerste terras, is er een cirkelvormige betegelde laagte met een altaar in het midden; dit was ongetwijfeld een offergebied, hoewel de precieze functie van deze plaats niet verder kan worden bepaald.

Een kronkelpad loopt naar beneden naar het tussen de twee beken gelegen hoofdterras, waar zich de voornaamste monumenten voor de cultus bevinden. Een grote tholos, het "Arsinoëion"[10] of de "Arsinoë Rotunda" (plattegrond, nr. 15), de grootste overdekte ronde ruimte in de oude Griekse wereld (20 m in diameter), heeft misschien gediend om de theoroi[12], de heilige ambassadeurs, te verwelkomen die waren afgevaardigd door de poleis en door de bondgenootschappen om de grote festivals in het heiligdom bij te wonen. De decoratie van rozetten en bucrania (ossenschedels) leiden sommigen ertoe te geloven dat ook hier misschien offers hebben plaatsgevonden. De tholos was gebouwd op een ouder gebouw waarvan enkel de fundering is overgebleven.

Direct als het pad dat naar het heiligdom leidt ophoudt, vindt men het grootste gebouw, het Gebouw van het Fries van de Danseressen (plattegrond, nr. 14), soms de "Temenos" genoemd, daar het met een monumentale omheining overeenkomt die een veel ouder offergebied aanduidde.

Er bestaat veel ondescheid tussen de verschillende reconstructies van de plattegrond van dit deel van de site (vergelijk bijvoorbeeld de verschillende uitgaven van de archeologische gids van Lehman — de plattegrond gebruikt in dit artikel komt overeen met de 4de uitgave). Het is in essentie een eenvoudige binnenplaats voorafgegaan door een Ionisch propylon dat met het fries (foto beneden) van de bekende danseressen verfraaid was. De beroemde architect Skopas was mogelijk de ontwerper ervan.

Ten zuiden van de Temenos bevindt zich het belangrijkste cultusgebouw, het epopteion, in een inscriptie aangeduid als Hiëron (plattegrond, nr. 13).

Arsinoë Rotunda

Heiligdom van de Grote Goden van Samothrake - Index