Il territorio in passato era ricoperto di paludi e si popolò solo dopo il prosciugamento delle acque, infatti il primo documento in cui viene citata risale al XVI secolo. In quel periodo il borgo stava iniziando a formarsi, ma si trovò da subito sottoposto alla vicina località di Buggiano. Già dal secolo successivo, tuttavia, Ponte Buggianese iniziò a reclamare la propria autonomia.

Con l'avvento al potere dei Duchi di Lorena alla fine del XVIII secolo, Ponte Buggianese riuscì a risollevare la propria economia; grazie ad una serie di riforme messe in atto dal Granduca Pietro Leopoldo si mirava a migliorare le condizioni di vita degli abitanti e a maturare l'assetto territoriale: l'intero territorio pianeggiante e paludoso venne bonificato e venne stabilito che ogni famiglia abitante nel borgo avesse diritto ad una casa.

Il potere dei Lorena venne interrotto solo dall'invasione francese guidata da Napoleone Bonaparte il quale rimase sul territorio fino al 1814, e si concluse con l'unità d'Italia.

Il comune, di recente fondazione (Regio Decreto del 6 maggio 1883), ottenne l'autonomia dopo il distacco dall'allora più piccola amministrazione di Buggiano, da cui l'appellativo Buggianese. Originariamente parte, come il resto della Valdinievole occidentale della provincia di Lucca, la comunità fu aggregata alla provincia di Pistoia alla sua istituzione nel 1929.